1.商代盘龙城地名或国名之谜
迄今为止，没有在盘龙城遗址发现相应的文字材料，也缺乏有关的文献记述，因此对于它在商时期的真实地名或方国名称，还是一个待解之谜。
2.盘龙城人口数量之谜
商代盘龙城地区有多少人口，在缺少文献记载的前提下，用考古学的方法进行估算，目前还存在很大的困难。
3.最高统治者的性别之谜
盘龙城发掘的几座高等级贵族墓，墓主大多尸骨腐朽无存，很难进行性别鉴定，其墓主人究竟是男性，还是女将领，目前还不清楚。
4.盘龙城消失之谜
具有重要战略意义的盘龙城，存在三百年左右，而后在殷墟前期衰落，衰落的原因比较复杂，据学者们研究，有洪灾说、病灾说、商人军事失利说等，究竟何种说法最为接近事实，还是一个待解之谜。
5.玉料来源之谜
盘龙城的玉料，既有新疆和田玉，又有辽宁岫玉，此二地均与盘龙城有数千公里之遥，它们是通过何种方式来到盘龙城，目前还是一个谜。
6.大玉戈琢制之谜
盘龙城出土的大玉戈，长94厘米，宽11厘米，厚仅0.5厘米，平面平整光洁，中规中矩，轮廓分明，这是用原始的绳索切割之类工具，是绝对琢制不出的，那么，当时采用了何种方法及工具，才将其琢制得如此精美，到目前还是一个谜。
7.大陶缸用途之谜
盘龙城出土的大陶缸，高达1米，它到底是用来盛水或谷物，还是用于熔铜，还有待进一步的材料证明。
8.大件铜器是否本地铸造之谜
盘龙城遗址内，已发现铸钢遗址，但所见多为斧一类简单器物。青铜鼎一类大型器物，是否为本地铸造，目前还是一个谜团。
9.盘龙城黄金饰片之谜
2013年杨家湾考古发掘，出土了一件黄金饰片，商代已有黄金，是一件不争的事实。但黄金来自何地，又是通过何种方式冶炼得到，目前还是一个难解的谜团。
10.象牙之谜
2006年，杨家嘴区域发现一颗待加工的象牙残件，这是盘龙城首次发现象牙，它是外地还是本地产的？如是本地产的，则当时盘龙城地区的气候物理状态又和现在有何不同？它在盘龙城会有何用途？等等，带来一系列谜团。
（编审 | Mr.Lee）
