1898年，余家菊出生在黄陂（研子岗大余湾）一个书香世家。7岁起受家塾教育，宣统元年（1909年）考入道明高等小学。1912年就读于文华书院，后转中华大学预科。1916年升入中华大学哲学门，曾参加恽代英创办的互助社。1918年毕业留校参与创办附属中学，任学监。次年经王光祈介绍加入少年中国学会，并常为该会刊物《少年中国》《少年世界》撰稿。
1920年初肄业于北京高等师范学堂教育研究科，8月到长沙第一师范任教。次年3月执教河南第一师范，为省教育厅编辑。1922年2月赴英国留学，先后在伦敦大学、爱丁堡大学攻读哲学、心理学、教育哲学。留学期间在法国结识曾琦、李璜等，并与李将各自所写同类文章合编寄回国出版，书名《国家主义的教育》。1923年曾琦等在巴黎创建中国青年党（1929年以前称国家主义青年团），余家菊与曾在一些问题上观点不一，“不愿卷入党争”，没有参加。
1924年3月回国任国立武昌师范大学（后改为武昌大学）教育哲学系系主任，10月与曾琦等创办《醒狮周报》鼓吹国家主义，正式表明反共，因此与校内李汉俊等师生的矛盾日趋尖锐，正如其自述：“乃大反素愿而牵入政争漩涡”。嗣后又因学校改制问题与校方意见不合，乃于次年赴沪任中华书局编审，8月任东南大学教授。
是年夏，少年中国学会年会期间，会员中国家主义派与共产主义派决裂，陈启天、左舜生等加入中国青年党。曾琦、李璜动员余参加，余家菊在反共及国家主义思想上虽与曾等完全一致，但在性格、作风及对其他具体问题的看法上则多有不同，乃拒绝参加。后经李璜等反复劝说，延至秋季才在入党申请表上附注“思想不受干涉”及组织对其个人“发布命令须先征得本人同意”两个条件而加盟。同时对自身规定“不亲近党权”、“不组织派系”和“不依党为生”3个原则。
1926年8月武昌大学师范学院聘余家菊为院长，时北伐革命军势如破竹直逼武昌，余不敢到任。同时因其看到以黄埔军校的共产党学员为中坚的北伐革命军所向披靡，认为“武人乱国，文人不足以救国”，乃决心培养“新武人”。于是接受孙传芳的聘请任金陵军官学校总教授（后任监督）。1928年任《东三省民报》编辑，次年任冯庸大学教授。1930年在天津创办健行中学，并在北平中国大学、北京大学等校授课。
1932年一度任上海《申江日报》编辑并为中华书局编书。时青年党处境窘迫，余家菊与左舜生乃策动改走“促进宪政之路”，逐渐为国民党所接受。1934年从北方迁家武汉，向当局表示“改弦易辙”。1936年被任命为湖北省政府公报室（后改名编译室）主任，并第一次被蒋介石召见。七七事变后，辞去编译室主任职到河南大学任教育系主任。此时青年党与国民党接触频繁，至1938年，后者即宣称两党“亲善至极，融为一体”，余也由当年起连续4届被聘为国民参政会参政员并成为青年党主要领导之一。
1945年与左舜生等代表青年党与国民党谈判，最终实现合作，条件为：青年党“对国民党乃作善意批评”、派党员参加政府、接受国民党财政支持。1946年余作为青年党代表出席政治协商会议，11月当选制宪国大代表，次年4月任国民政府委员。
1948年当选行宪国大代表，任总统府国策顾问。是年秋逼蒋介石下野呼声日高，余家菊在青年党内力主“保蒋”遭反对，知事已不可收拾，乃携眷由宁回汉口谋保全身家之计。次年5月南去广州，6月到重庆，寄寓旅舍，万念俱灰。重庆解放，又仓皇奔成都，12月初才经海南岛飞台湾。早在1944年余便对其同道说：“中华民国无希望，中国青年党无希望，不过我总是跟着拖，拖到底。”可谓知其不可为而为之。
余家菊在抗战胜利后开始研究佛学，每日诵经不辍；晚年信奉天主教，去世前受洗。毕生勤勉笔耕，为国家主义主要理论家之一，对中国传统文化也曾下工夫研究。著作颇丰，主要有：《国家主义概论》《中国教育史要》《孔子教育学说》《孟子教育学说》《荀子教育学说》《陆象山教育学说》《教育与人生》《人生对话》《中国伦理思想》《大学通解》《余家菊先生回忆录》等。2006年8月17日至20日在武汉召开“余家菊与近代中国学术研讨会”，华中师范大学于2007年出版《余家菊与近代中国》一书，为截止2007年大陆余家菊研究的最前沿。
余家菊的儿子余传韬继承了父亲的事业，曾任台湾中央大学校长和教育部常务次长，去职后担任湖北黄陂同乡会会长。余传韬的妻子为国民党元老陈诚的女儿。华中师范大学设有余传韬先生捐助的“余家菊奖学金”。
（编审 | Mr.Lee）
